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靶点发现服务 · 功能基因组学

PDO 1.0与PDO 2.0靶点发现

基于PDO 1.0与PDO 2.0双平台,连接肿瘤细胞内在机制与微环境功能,开展靶点发现、基因文库筛选与功能验证研究。

围绕您的研发目标配置模型、基因干预与功能验证,以清晰的阶段目标和交付推进靶点发现项目。

类器官靶点发现从基因文库筛选、命中确认和功能验证连接至靶点优选
从文库筛选到靶点优选

研发决策

从下一步决策反推模型、筛选与验证方案

候选靶点功能验证

靶点干预是否改变疾病相关表型?哪些结果支持继续投入?

疾病依赖性与合成致死

特定分子背景可能依赖哪些基因?这些依赖性是否具有选择性?

耐药与联合靶点

哪些变化与耐药相关?哪些干预值得进一步开展联合研究?

免疫调控靶点探索

肿瘤或免疫细胞的干预如何影响识别与杀伤?可选择哪些模型和检测进行验证?

PDO 1.0 + PDO 2.0 · 双平台研究

从肿瘤细胞内在机制到微环境功能

两类模型均可作为靶点研究的起点。围绕研究问题匹配模型、基因干预与功能读数,既可独立开展研究,也可组合用于跨体系的发现与验证。

PDO 1.0

解析肿瘤细胞内在依赖性

围绕肿瘤细胞生长、存活与药物反应,设计候选基因验证、基因文库筛选及耐药机制研究,建立靶点与肿瘤表型之间的功能联系。

比较PDO 1.0与PDO 2.0

PDO 2.0 / ALI

探索微环境相关靶点与功能

结合模型中的组织结构、免疫组成与分子特征,提出微环境相关靶点假设,设计肿瘤—免疫相互作用、免疫识别与杀伤及药物反应研究。

了解PDO 2.0 / ALI研究体系
双平台衔接

从疾病与分子背景提出假设,选择合适的模型和检测筛选候选,再结合PDO 1.0肿瘤表型与PDO 2.0微环境读数开展功能验证,形成支持靶点优先级和联合研发的证据。

基因文库筛选与靶点优选

类器官基因文库筛选

围绕疾病机制、药物敏感性与耐药问题,设计类器官基因扰动与文库筛选研究,结合分子特征、功能表型和独立验证,发现并优选具有研发价值的候选靶点。

从研究问题到候选靶点文库筛选的五个关键阶段
  1. 01

    模型选择

    PDO 1.0 / PDO 2.0

    按研究问题匹配
  2. 02

    文库设计

    候选基因 · 通路 · 对照

    确定筛选范围
  3. 03

    基因扰动

    递送与干预确认

    建立实验分组
  4. 04

    筛选分析

    测序或表型读出

    形成候选排序
  5. 05

    靶点复验

    肿瘤表型 · 微环境功能

    支持研发决策
比较设计
对照条件药物处理或研究条件

连接基因扰动与生长、存活及药物反应,识别值得复验的候选基因。

靶点发现与疾病依赖性

围绕疾病相关通路或候选基因集设计聚焦文库研究,识别影响类器官生长与存活的候选依赖基因。

耐药机制与联合靶点

比较药物处理与对照条件下的基因扰动效应,探索敏感性、耐药机制和联合干预方向。

命中基因功能验证

对筛选候选开展独立基因干预,结合分子确认、功能读数及独立模型复验,形成靶点优先级依据。

研究设计涵盖CRISPR或RNA干扰等基因扰动策略。结合目标基因集、模型特征与试点数据,共同确定文库类型、筛选规模、对照设置及测序或表型读出方案。

讨论文库筛选方案

TRiCBIO研究结果

这些研究结果如何支持靶点发现

01 · 靶点与模型匹配

为靶点研究筛选匹配样本

在统一染色条件下比较候选组织的TGF-β1表达,可选择代表不同靶点表达背景的样本进入后续PDO药物与机制研究。

据此规划后续研究需要比较的靶点表达背景。

肺癌组织TGF-β1表达比较,左侧LC-026,右侧LC-023查看大图
左:LC-026,中至高表达;右:LC-023,相对低表达。组织切片,同一1:200染色条件;每个样本两个视野,自上而下为DAPI、TGF-β1及合并图。

02 · 基因递送与表达

肝癌类器官中的基因递送与表达

通过比较Scramble shRNA对照与lncRNA shRNA条件下的类器官形态和表达信号,为后续分子确认与功能研究选择实验条件。

了解基因递送与干预研究
Scramble shRNA肝癌类器官Scramble shRNA条件第3天明场与绿色荧光叠加查看大图
lncRNA shRNA肝癌类器官lncRNA shRNA条件第3天明场与绿色荧光叠加查看大图
第3天明场与绿色荧光叠加,展示递送后的形态与表达信号。

03 · 细胞组成与分子背景

用配对单细胞分析选择研究指标

肝癌原组织与PDO的配对单细胞分析呈现各样本中的T细胞相关群体、B细胞及巨噬细胞等组成,明确免疫相关靶点研究可利用的模型背景。

据此选择机制研究与药物评价需要的检测指标。

患者原组织肝癌原组织单细胞细胞群分布与图例查看大图
患者来源PDO肝癌PDO单细胞细胞群分布与图例查看大图
单个组织—PDO配对样本;两组分别降维,按各自图例解读细胞群。

团队研究基础

将基因组线索推进到功能验证

团队成员参与的Nature Medicine研究展示了如何推进候选因子的功能验证:在Apc缺失的小鼠结肠类器官中比较Igf2、miR-483及其组合,并用组织学、增殖与侵袭结果评估候选驱动因子的功能。

Li et al., Nature Medicine, 2014 · Fig. 5 ↗

项目交付内容

  • 项目方案:模型选择、基因干预策略、实验分组与质量标准。
  • 项目数据:基因干预确认、功能检测数据与候选靶点排序。
  • 验证与建议:关键候选复验、机制分析及后续研发建议。

合作方式

委托研究与联合研发

委托研究服务

围绕您的靶点、候选药物与研发问题,定制模型、筛选和验证方案,提供实验数据、分析报告与后续研究建议。

讨论靶点发现项目

联合发现与验证

结合双方的模型、数据、技术与候选药物资源,共同发现和验证靶点,研究作用机制,推进具有开发价值的研究项目。

探讨联合研发合作

以靶点证据和候选药物研究为基础,与合作伙伴共同推进联合发现、功能验证,并探索具有开发价值的药物联合开发机会。

行业进展

公开研究正在拓展类器官靶点发现

2026年8月发表于Nature的三项同行评议研究展示了三个与项目设计直接相关的方向:扩大患者来源模型资源、在类器官中开展全基因组CRISPR筛选,以及将新的癌症亚型和状态纳入依赖性图谱。

这些公开研究主要基于PDO 1.0及其他NextGen三维癌症模型,可为模型覆盖、筛选规模和命中验证提供参照;涉及组织结构、免疫背景或微环境功能的问题,还可进一步评估PDO 2.0研究方案。

从您的靶点发现需求开始

初次沟通可分享非机密的疾病或癌种、候选靶点、已有模型与数据,以及希望支持的研发决策。

讨论靶点发现项目